細菌鑒定原理：采用傳統的比色法和快速熒光法。根據不同類別細菌的理化性質不同，設計不同的測試卡， 每一張卡包括多項生化反應。儀器采用光電比色法測定細菌因分解底物導致PH值改變或由于細菌生長利用底物而引起的透光度變化；其熒光法是在測試卡的小孔中加入酶底物， 使其與細菌產生的酶結合生成熒光物質。儀器在較短的時間內能夠分析細菌對不同生化底物所產生的發熒光的物質，通過讀數器測定熒光強度來判定細菌胞外酶； 采用熒光技術鑒定細菌， 速度可以提高4 -8倍。兩小時可提供鑒定報告。細菌鑒定實驗底物有幾種不同類型，各個不同品牌的儀器均使用自己的測試卡和相應的試劑；以酶為基礎的反應底物，包括顯色底物和熒光底物；以微生物生長為基礎的底物是糖類底物和化合物底物，還有混合底物；通過與各種細菌發生氧化、降解及水解反應，產生顏色的變化或產生熒光物質，利用顯色和熒光強度的變化。來鑒定細菌的菌型。儀器會自動選擇底物進行分析。