通常，色譜柱沖洗就是把色譜柱上的臟東西和對色譜柱有損壞的東西沖出來，并且保存在合適的溶劑中；還有另一種情況，也可以算作沖洗的范疇，就是梯度方法間重新平衡色譜柱的過程。
常用的溶劑
針對于反相色譜柱，通常是用到純的水和有機溶劑，水主要是作為沖洗掉色譜柱中的鹽和其他添加劑，而有機溶劑則是用來沖洗掉一些在色譜柱上有較強保留的污染物，除了在分析中常用到的甲醇和乙腈之外，還有一些對污染物去除能力更強的有機溶劑也可以使用，比如異丙醇。
如何怎么沖洗色譜柱
色譜柱的沖洗，無非兩個情況：正常情況下的沖洗和非正常情況下的沖洗
正常情況下色譜柱的沖洗步驟
使用不含添加劑流動相后的沖洗
正常情況下，僅僅是對色譜柱進行流動相替換和凈化，對于一般的方法，只需在方法結束后使用高比例的有機相比如甲醇或者乙腈沖洗色譜柱大約20倍柱體積即可。
使用含鹽或添加劑后的沖洗
如果是使用的到的方法的流動相中含有緩沖鹽或者其他添加劑的時候，先要使用和方法流動相起始比例相同的純水相替代緩沖鹽一相，沖洗20倍柱體積之后，再換上高比例有機相沖洗20倍柱體積。
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