無特殊情況下，清洗頂空進樣器主要用純水、甲醇或無水乙醇等沖洗或超聲清洗，污染嚴重可用棉簽輕輕擦拭，不可用力過度，避免破壞內表面產生活性點，然后放置到烘箱70度烘干后干燥冷卻密封存放即可。
頂空進樣器清洗步驟如下：
1
設置傳送帶溫度為60℃，設置樣品定量管和傳送管溫度為Off。
2
一旦樣品定量管和傳送管溫度冷卻到低于60℃,關閉通往頂空進樣器的氣體，拆下出口端的放空管線。
3
在傳送帶中插入一個空的樣品瓶。
4
用手提起樣品瓶。
5
用一次性注射器抽取約6ml的純凈水注射進HSS放空管。
6
降低樣品瓶然后取出來。重復步驟3到5(注射兩到三次將清洗徹底)。
7
再設置一個空樣品瓶并提起，然后使用一次性注射器注射足夠的空氣將水吹掃出來。
8
將傳送管一端插入一個燒杯或類似容器中，并使用一次性注射器從HSS氣體管出口注入約10ml水，然后注入約10ml甲醇。
9
使用一次性注射器注射足夠的空氣以吹掃出水。
10
重新安裝好管線并打開氣流。然后，切換樣品瓶到Load-INJ反復幾十次以將水和甲醇全部吹出樣品閥和管線。