在分辨率低的質譜圖譜上，所顯示的峰一般是平均同位素峰。但目前常用的質譜方法（比如 MALDI-TOF ）分辨率一般都很高，一般的小分子（比如肽段）常含有 4 到 5 個同位素峰，其中分子量最小的那個就是單一同位素峰。但是，當用質譜檢測大分子（比如完整蛋白質）時，同位素峰的數目很多，難以在圖譜上區分。在這種情況下，使用平均同位素質量會比較更有意義。
