外科手術切除仍然是目前治療腺樣囊性癌的主要手段。手術設計時應比其他惡性腫瘤擴大手術正常邊界，術中宜行冷凍切片檢查，以確定周圍組織是否正常。術后常需配合放療，以殺滅可能殘留的腫瘤細胞。術后可選用化療，以預防血道轉移。局部大塊切除是根治腺樣囊性癌的主要原則，即在功能影響不大的情況，盡可能切除腫瘤周圍組織。原則上腺樣囊性癌做腮腺全切，考慮到腺樣囊性癌具有較高的神經侵犯性，對面神經的保留不宜過分考慮；頜下腺者至少應行頜下三角清掃術；發生在腭部者應考慮做上頜骨次全或全切除術，如已侵犯腭大孔，應連同翼板在內將翼腭管一并切除，必要時可行顱底切除。
腺樣囊性癌的頸淋巴結轉移率在10%左右，但直接侵犯遠較瘤栓轉移為多。Allen及Bosch通過對腺樣囊性癌的區域淋巴轉移的研究，認為所謂淋巴結轉移都是腫瘤直接侵入淋巴結，其周圍軟組織都有瘤細胞浸潤，未見瘤栓轉移的病例。因此腺樣囊性癌患者不必做選擇性淋巴結清掃術。
復發性或晚期腫瘤除做廣泛切除外，術后可配合放射治療。有些解剖部位手術不能徹底時，也需術后配合放射治療。手術配合放射治療有可能減低復發率。對于一些失去手術機會的病例，也可以采用放射治療控制發展。
晚期患者或術后復發患者也可配合化療，以減少復發。化療主要用于配合手術治療或姑息治療。