現場采樣時應采用聚乙烯或硬質玻璃瓶來儲存樣品，采樣時應采用樣品對采樣瓶進行多次沖洗，防止瓶內殘留對樣品的污染。對采集的樣品進行PH調節，滴加濃硫酸將PH調整至1-2，送至實驗室測試和留存現場在線設備測試的樣品應進行同樣的處理，很多時候認為現場在線測量在短時間內即可完成測量，未對現場在線設備測試樣品進行PH調節，樣品的PH不同對消解的效果有所不同，消解情況直接影響吸光度和測量結果。
采集樣品后現場在線設備測試時間和實驗室測試時間不同，對樣品測試數據產生一定影響，尤其是在溫度和PH條件滿足樣品中反硝化菌活動條件時，樣品放置時間越長測量影響越大，一般情況下，現場在線監測樣品處于室溫環境中，監測數據在采樣樣品后1-2個小時內可以完成測量；采集至實驗室測試的樣品，將樣品放置于室溫或者高于、低于室溫的環境下進行運輸，多數未采用恒溫箱進行保存，一般監測公司采樣不會對一個點進行采樣，樣品在車內放置時間可能需要1-4個小時，有時甚至更長，送至實驗室后多在下午或者晚上，很多情況下不能進行及時測量，樣品放置10幾個小時后再進行測量，運輸和保存期間細菌對樣品中氮的轉化和分解一直在發生，造成實驗室測量數據和在線測量數據誤差較大。