Wipple手術的并發癥有敗血癥、膽瘺或胰瘺、以及出血。死亡率波動在27%~46%。敗血癥的發生常常是由于來自胃腸道的血液潴留或漏出，許多病例都采取經皮穿刺引流這種侵入性的處理方法。10%~18%的病人發生胰瘺，胰瘺的表現類似敗血癥，7%~10%的死亡率與胰瘺有關。術后立即發生的出血通常是血管未結扎好，或是由于未發現的血管內血凝塊。遲發性的出血可能是由于敗血癥或瘺形成導致動脈壞死或結扎線脫落。胰切除術后，特別是幽門保留手術后的胃排空延遲是一種相對常見的沒有生命威脅的并發癥，但可能誘發局部腹膜炎。發生率較低的并發癥有：腸梗阻、腸系膜血栓、肝功能衰竭、膽管炎、胰腺炎、腎功能衰竭和壞死性筋膜炎。