從一塊外植體形成典型的愈傷組織，大致要經歷三個時期：起動期、分裂期和形成期。 起動期是指細胞準備進行分裂的時期。用于接種的外植體的細胞，通常都是成熟細胞，處在靜止狀態。起動期是通過一些刺激因素(如機械損傷、改變光照強度、增加氧等)和激素的誘導作用，使外植體細胞的合成代謝活動加強，迅速進行蛋白質和核酸的合成。機械損傷能誘導植物體細胞開始分裂，如傷口上會出現愈傷組織。在植物組織培養中沿用了愈傷組織這一名詞，但是植物組織培養中誘導外植體細胞分裂形成的愈傷組織，大都不是損傷的結果。外源的生長素類物質對誘導細胞開始分裂效果很好，因此生長素類物質在植物組織培養中得到廣泛應用，常用的有2，4-二氯苯氧乙酸、萘乙酸、吲哚乙酸和細胞分裂素等。
處于分裂期的愈傷組織的特點是：細胞分裂快，結構疏松，顏色淺而透明。
外植體的脫分化因植物種類、器官來源及其生理狀況的不同而有很大差別。例如，煙草、胡蘿卜等植物的脫分化比較容易，禾本科植物的脫分化比較難；花的脫分化比較容易，莖、葉的脫分化比較難；幼嫩組織的脫分化比較容易，成熟的老組織脫分化比較難。