慢性多潛能性免疫增生綜合征發病機制還不清楚。病人T細胞亞群分析發現本病為T細胞病變，有的病例以抑制性T細胞（TS）增多為主，有的以輔助性T細胞（TH）增多為主，亦有二者都增多。這些T細胞可能產生B細胞刺激因子，促使B細胞增殖，并分泌免疫球蛋白。
1.體內免疫球蛋白產生異常增多，病人發病年齡大，易發生感染，常伴有自身免疫性溶血性貧血，說明T細胞和B細胞功能障礙。Knocht研究發現，75例免疫母細胞性淋巴腺病病人中，44例有T細胞受體B單克隆性重排，19例有T細胞受體B及免疫球蛋白基因種系特征，11例T細胞受體B及免疫球蛋白基因重排，1例為免疫球蛋白基因重排。
細胞免疫是引起自身免疫組織損害的主要機制。本病許多器官系統受累，但以淋巴結為主，且具有特征性病變，這種病變的分布特征可能是細胞毒T細胞（TC細胞）針對一種全身性抗原或針對淋巴器官或其他組織中存在的抗原進行免疫攻擊的表達。
2.病理 淋巴結結構全部或大部分破壞，生發中心消失，但部分仍有殘余可見，包膜及包膜外組織全部或部分被漿細胞樣細胞浸潤。
（1）血管增生：淋巴結皮質旁區、髓質區均有較明顯的毛細血管后靜脈增生，部分呈分枝狀，血管壁內有PAS陽性無定形物質沉積，內皮細胞增生腫脹，有的血管腔似有閉塞現象。
（2）免疫反應性細胞浸潤增殖：這些細胞是免疫母細胞、漿細胞樣免疫母細胞、漿細胞及上皮樣細胞。免疫母細胞體積較大，為15～25μm，呈多角形，胞質不多，HE染色呈雙染性或嗜堿性，甲基綠哌咯寧染色陽性（紅色），姬姆薩染色嗜堿性，呈天藍色，核大，圓形或卵圓形，略偏位，核膜厚，染色質呈細網狀，疏松，有1～3個嗜堿性圓形核仁，排列在核當中或靠近核膜，偶見雙核，可見核分裂象。
（3）細胞間無定形物質沉積PAS及酸性黏多糖染色呈陽性。
肝、脾、骨髓和皮膚亦常有類似改變，但不如淋巴結典型。肺組織外觀呈彌漫性結節狀，鏡下可見肺泡間隔和間質內有彌漫性淋巴細胞、漿細胞和免疫母細胞浸潤，伴有少量纖維化，肺泡縮小，有增生的上皮內襯，巨噬細胞數增多，細支氣管可因內膜浸潤而狹窄。免疫熒光染色顯示整個肺泡壁為特異性的細胞內IgG和IgM沉著。