在藥物治療無效時，或無法通過藥物治療來解除青光眼的患眼，應及時采用手術方法處理。在膨脹氣體填充術的病例首先可作穿刺放出部分填充氣體，如無效也可考慮做玻璃體和前房穿刺放液。在無晶狀體眼如有纖維滲出膜造成的瞳孔阻滯，可施行激光切開或手術切除來解除。硅油引起的青光眼一般需要手術干預，首選硅油部分取出術。
較嚴重的玻璃體和視網膜脫離手術后青光眼往往需施行濾過性手術，對難治性青光眼，房水引流物植入術是一較為理想的濾過性手術。目前常選擇帶有壓力調控的引流物，又稱為青光眼減壓閥，房水通過一根開口插入前房的硅膠管引流到縫置于赤道部鞏膜上的引流盤處，再由眼眶內組織吸收。青光眼減壓閥置入手術尤其適合于這一類的青光眼，其成功率遠高于小梁切除等濾過性手術。
睫狀體破壞性手術是最后的治療選擇，尤其是還殘留視功能的患眼。目前常用的手術方式有睫狀體冷凝和激光睫狀體光凝術。應注意控制睫狀體的破壞量，以免造成眼球萎縮的嚴重后果。