抑制免疫療法，是抑制自體免疫疾病中的異常免疫反應，或者降低正常免疫反應以阻止細胞或者器官移植中的排斥反應。
免疫抑制藥物
免疫抑制藥物可以幫助控制器官移植和自體免疫性疾病。免疫反應依賴于淋巴細胞增殖，基于此免疫抑制劑用于抑制細胞生長。糖皮質激素是一類特定的淋巴細胞活化的抑制劑，而免疫親和素抑制劑則針對于T淋巴細胞活化目標；免疫抗體針對免疫反應的階段程度；其他藥物調節免疫反應。
免疫耐受
人體機能不會天然地對自身組織發動免疫系統攻擊。免疫耐受療法尋求重建免疫系統，在自體免疫疾病或接受器官移植情況中，使身體停止錯誤地攻擊自己的器官。并生成免疫力耐受或消除終身免疫抑制及伴生的副作用。它已經在器官移植、1型糖尿病或其他自體免疫性疾病中進行測試。
過敏
免疫療法可用于治療過敏。盡管過敏治療（如抗組胺藥或皮質類固醇）可以進行治療過敏癥狀，免疫治療也可以降低靈敏度過敏原，減輕嚴重過敏反應。
免疫治療可以產生長期效果。免疫治療在一些患者中部分有效、或者一類患者完全無效，但它提供了減少或停止患者過敏癥狀的機會。
該療法適用于有極度過敏或無法避免具體過敏原的患者。免疫療法一般不用于食品或藥物過敏。這種療法的人對過敏性鼻炎或哮踹特別有用。在免疫治療中的第一劑，增加微小的過敏原或抗原量。隨著時間的推移增加劑量，患者逐漸消除過敏性。這項技術已用于嬰兒疫苗，預防花生過敏。