1）預防污染；
2）一旦發現污染作為一種挽救手段；
3）誘導表達重組蛋白；
4）保持轉染細胞的選擇性壓力。
在常規細胞培養中，除非特別需要，一般不推薦使用抗生素或抗真菌劑。因為抗生素對許多細胞有毒性，并且掩蓋支原體、細菌污染。此外，它們可以干擾敏感細胞的代謝。
如果使用抗生素，青霉素鏈霉素溶液可以每100ml的細胞培養液加入0.5-1 ml，使青霉素終濃度為50-100 IU/ml，鏈霉素終濃度為50-100μg/ml。另一種抗生素慶大霉素，使用終濃度為50-100μg/ml。抗真菌兩性霉素B使用終濃度2.5 μg/ml。以上濃度適用于含血清培養基。對于無血清培養基，至少減少50%的濃度。