抗蛋白酶3抗體（PR3-ANCA）在臨床上與GPA密切相關，陽性率為85%。胞漿型抗體c-ANCA診斷GPA的特異性大于90%，外加PR3-ANCA可超過95%，系WG的特異性抗體。PR3-ANCA對GPA的敏感性取決于疾病的活動性和病期階段，在初發不活動的GPA中陽性率只有50%，而活動性典型的GPA幾乎100%陽性。cANCA/PR3 -ANCA陽性在活動期GPA有很高的診斷價值。PR3-ANCA在其他多種原發性血管炎中也可被檢測到，如顯微鏡下多血管炎（MPA)、過敏性肉芽腫性血管炎（CSS）、壞死性新月體腎小球腎炎(NCGN)、結節性多動脈炎（PAN)、少數巨細胞動脈炎、過敏性紫癜、白細胞破碎性皮膚性血管炎和白塞病等。PR3-ANCA在臨床上另一重要應用價值在于該抗體效價與病情活動一致，在GPA等原發性血管炎患者常被作為判斷療效、估計復發的指標，從而指導臨床治療。