衣原體是一群體積較小，能通過細菌濾器，細胞內專性寄生，并有獨特發育周期的原核細胞型微生物。由于它具有一些與細菌類似的生物學特性，現歸屬于廣義的細菌范疇。
衣原體在宿主細胞內生長繁殖有獨特的發育周期，可見到兩種形態結構不同的顆粒。
（1）原體：呈球形或橢圓形，直徑約0.3μm，外有胞壁，內含致密的核質，為成熟的衣原體。吉姆薩染色呈紫色，Macchiavello染色呈紅色。在細胞外較為穩定，無繁殖能力，但有高度的感染性。
（2）網狀體又稱始體：呈球形或橢圓形，直徑0.5～1μm，無胞壁，胞漿內無致密的核質，而有纖細的網狀結構。吉姆薩染色和Macchiavello染色均呈藍色。為衣原體發育周期中的繁殖型，代謝活潑，不能在胞外存活，無感染性。
支原體是一類無細胞壁、呈高度多形態性，能通過除菌濾器，在人工培養基上能生長繁殖的最小原核型微生物。