支氣管鏡檢查的禁忌癥包括：活動性大咯血，痰中帶血允許檢查，且易獲陽性結果；嚴重心肺功能障礙；嚴重心律失常；全身情況極度衰竭；不能糾正的出血傾向；嚴重的上腔靜脈阻塞綜合征；新近發生的心肌梗塞、不穩定心絞痛；疑有主動脈瘤；氣管部分狹窄，估計纖維支氣管鏡不能通過；嚴重的肺動脈高壓，活檢時可能發生嚴重的出血等。
