散發性腦炎系臨床診斷，病理診斷則可區分病毒性腦炎及變態反應性脫髓鞘性腦病。臨床診斷的主要依據為：
一、起病前一個月內有感染史，以感冒、腹瀉多見。
二、急性或亞急性起病，呈彌漫性腦損害的臨床表現。少數患者也可呈局限性腦損害的癥狀和體征，但或多或少仍有彌漫性腦損害的背景。
三、腦脊液正常或白細胞、蛋白輕至中度增加。腦脊液白細胞正常時，其白細胞分類往往見免疫活性細胞呈活躍狀態。
四、腦電圖多呈彌漫性高波幅慢波或彌漫性腦損害的背景上的局灶性改變。
五、應排除與臨床表現相似的其它疾病，如已知病原的中樞神經系統感染（已型腦炎、單純皰疹病毒腦炎）、腦瘤、腦血管畸形、腦卒中等。