數字PCR助力艾滋病療法的開發

發布時間：2013-02-06 14:34 原文鏈接：數字PCR助力艾滋病療法的開發

　　Bio-Rad公司于去年底推出了QX100微滴式數字PCR系統，市場反應不錯。最近，Sangamo BioSciences公司的研究人員利用此系統產生了高度精確且重復的數據，離HIV功能療法的開發又近了一步。

　　讓我們聽聽Sangamo BioSciences資深科學家Gary Lee的評價。“QX100系統讓我們能輕松、準確且重復地測定基因組中的低拷貝事件。ddPCR技術帶給我們信心，這對推進項目很關鍵。”美國 Sangamo BioSciences公司是鋅指核酸酶研究領域的先鋒。Sigma Life Science作為其獨家合作伙伴，推出了CompoZr 鋅指核酸酶平臺。

　　Sangamo利用ZL的鋅指DNA結合蛋白(ZFP)技術來修飾CCR5基因，此基因編碼了一個重要的細胞表面共受體，被HIV利用，以便進入和感染CD4+細胞。該公司改造了鋅指核酸酶，以便永久破壞HIV陽性患者體內免疫細胞中的CCR5，讓這些細胞能抵抗感染，從而潛在控制病毒再次侵入患者。這種革命性的療法采用患者自身的免疫細胞來取代藥物治療。

　　HIV+受試者的現有數據表明，HIV DNA整合到宿主細胞基因組中是一個稀有事件，外周血中每1,000-100,000個CD4+ T細胞僅有一個。這種低水平的HIV DNA可維持低水平的病毒復制，特別是在淋巴組織中。因此，Sangamo研究的一個主要挑戰是測定受試者的HIV DNA水平，從而評估新療法的效果。盡管實時定量PCR(qPCR)是測定基因表達的高效技術，但不完美的擴增效率和必須建立標準曲線讓qPCR無法提供精確度和靈敏度，來檢測稀有的目標DNA。

　　微滴式數字PCR技術能實現目標DNA和RNA分子的絕對定量，帶來比qPCR更高的靈敏度、重復性和精確度。QX100系統將樣品和試劑分成20,000個液滴，而目標和背景DNA隨機分布。這種微滴化處理能降低背景干擾，實現復雜樣品中單拷貝靶分子的靈敏檢測。

　　據Lee博士介紹，在兩個獨立的低拷貝數分析中，實時定量PCR結果顯示差異為十倍，讓人難以確定數據究竟是實驗差異，還是生物學現實。而有了ddPCR技術，結果顯示差異為兩倍。“這才是我們真正信賴的數據。”

　　該公司目前正在開展兩個II期臨床試驗。QX100系統將有助于Sangamo BioSciences確定它們的療法是否有效。到目前位置，臨床數據表明經過修飾的T細胞數量和HIV病毒載量的降低均有顯著的統計學意義。

　　Lee博士認為：“我們能夠證明，對于稀有事件檢測，特別是在臨床研究中，QX100系統是首選技術。”