傳統的熒光定量PCR，經過多年的發展，已是很成熟的實驗方案了。其中，最常用的是Taqman法和SYBR Green法。而在這二種方法當中，Taqman法又以其特異性高、定量精確，得到廣大用戶的認可。但是Taqman法PCR，它還是一個相對定量的辦法。它測的是一個Ct值，也就是PCR到第幾個循環，熒光強度達到了一個設定值。要想用Taqman方法得到：樣本中到底有幾個目標基因的拷貝，那么還是要再做一個標準品的（qPCR）曲線。才能知道樣本的Ct值落在標準曲線的哪個位置上。再進一步推算出樣本中的拷貝數量。這樣做既增加了工作量，因為引入了標準品，又多引入了一個實驗的誤差變量。
新發明的微滴數字PCR采用一種全新的方式進行核酸分子的定量，與傳統PCR、定量PCR相比，其結果的精確度、準確性和靈敏度更佳。定量的結果不再依賴于Ct值，直接給出靶序列的起始濃度，實現真正意義上的絕對定量。微滴數字PCR的原理，就是把原來一整管的PCR反應液，分散成幾萬個，甚至幾百萬個極微小的液滴。這些小微滴同時進行PCR反應，這樣就可以計算出原來的反應液當中，有多少個目標基因的拷貝了。
隨著數字PCR技術不斷發展，Bio-Rad、LIFE Technologies及RainDance等廠家相繼推出技術較為成熟的數字PCR產品：
1、LIFE Technologies 3D數字PCR（芯片式數字PCR）：。在芯片上預制了2萬個小孔，把PCR反應液，物理地注入到芯片上的小孔中，密封后，進行PCR反應，PCR反應結束后，采用CCD拍照，數陽性反應孔。
2、Bio-Rad的微滴數字PCR（油包水原理）：實際上是QuantaLife公司開發出的微滴數字PCR技術，該產品還獲得了2011年度Frost & Sullivan北美新產品創新獎。2011年10月，Bio-Rad公司收購了QuantaLife和ddPCR技術，相繼推出了QX100、QX200微滴式數字PCR系統，即將20ul反應體系采用液滴反應器形成20000個油包水反應體系，PCR反應結束后，才有流式細胞術的原理，檢測每一個液體，數陽性反應的液滴數量。
3、的數字PCR（油包水原理）、原理與伯樂微滴數字PCR相同，但是其液體形成能力比伯樂強很多，理論上可以產生1000萬個小油滴。價格從高到底：Raindance、Bio-Rad、LIFE Technologies。
ddPCR應用領域
(ddPCR) 系統可對DNA或RNA分子進行絕對定量分析，適用于 EvaGreen 或基于探針的數字PCR應用領域。包括：
（1） 癌癥生物標志物研究和拷貝數變異分析
以卓越的靈敏度和準確度測量癌癥突變的變異程度、檢測稀有的 DNA 靶拷貝以及解析拷貝數變異狀態。
（2） 病原體檢測
精確地對靶 DNA 或 RNA 分子中的細微變化進行定量分析，從而檢測和監測病原體。
（3） 與新一代測序 無縫對接
無需使用標準曲線，直接對 NGS 庫執行絕對定量分析。
（4） 基因表達分析
可對少量 mRNA 和 miRNA 的細微變化進行準確及重復性極佳的檢測。
（5） 環境監測，例如土壤和水。
（6） 食品檢測，采用經過驗證的 ddPCR 方法對轉基因生物體 (GMO) 進行評估。