相比體視或復式顯微鏡，數碼顯微鏡存在一個明顯的限制條件，即需要電源連接，因為數碼顯微鏡未配備目鏡，而樣品圖像卻始終需要顯示在監控器上。因此，至少需要一根電源線。通常情況下，數碼顯微鏡還需要連接 PC，或至少需要連接顯微鏡的顯示屏。通過傳統的顯微鏡，用戶仍可以選擇使用目鏡獲取樣品圖像。
