1、培養的微生物種類不同
（1）斜面培養適用于好氧微生物的培養；
（2）液體培養適用于好氧微生物和植物組織培養，以迅速得到大量繁殖體為目的；
（3）穿刺培養主要用于厭氧或兼性厭氧微生物的培養。
2、微生物接種位置不同
（1）斜面培養在斜面固體培養基面上對細菌、霉菌等微生物進行培養，能充分觀察所培養的微生物的生長狀態，并且接種方便；
（2）液體培養將微生物直接接種于液體培養基中，并不斷振蕩或攪拌，使微生物均勻地在液體培養基中生長繁殖；
（3）穿刺培養將帶有欲培養微生物的接種針深插至半固體培養基（瓊脂含量0.2%?1.0%）中接種。
3、培養物形狀不同
（1）斜面培養物可看出在斜面上呈線狀生長；
（2）穿刺培養物可看出呈線狀、放射狀、傘狀等生長；
（3）液體培養物有四種情況：
①只在表層生長的好氧菌
②只在表層液面以下生長的微需氧菌
③在整個試管都生長的兼性厭氧菌
④只在底層生長的厭氧菌