新型隱球菌性腦膜炎/腦炎是由新型隱球菌侵入所引起的感染性疾病，是中樞神經系統真菌感染中最常見的一種。新型隱球菌有三個變種，即新生變種、格特變種和上海變種。人體的肺、皮膚等部位感染新型隱球菌后，可以向中樞神經系統播散，但多數新型隱球菌性腦膜炎/腦炎患者并不伴有外周的新型隱球菌感染。新型隱球菌是機會致病菌，在免疫功能低下（如長時間使用廣譜抗菌素、糖皮質激素、免疫抑制劑等藥物和艾滋病等）患者，新型隱球菌性腦膜炎/腦炎的發病率顯著升高。起病隱襲、病程進展快、臨床表現和影像學均無特異性是新型隱球菌性腦膜炎/腦炎的特點，因此，腦脊液的病原學檢查就顯得尤為重要。
目前，新型隱球菌的實驗室檢查方法很多，但主要的有以下幾種。
1.新型隱球菌培養為診斷的金標準，并可鑒定新型隱球菌的類型，但培養所需時間較長。
2.墨汁染色（負染色法）其是根據背景著色而菌體本身不著色的原理來襯染莢膜，方法簡單快速，為診斷的金標準，但檢出率會隨著莢膜的破裂而下降。此外，新型隱球菌數量較少和檢驗人員的識別經驗不足（如將隱球菌判斷為氣泡和白細胞，或將氣泡和白細胞等誤認為隱球菌），也會影響墨汁染色的結果，造成假陰性或假陽性。
3.腦脊液細胞學檢查方法快速簡便，為診斷的金標準，不僅可以通過細胞分類來評估患者的免疫狀態和治療效果，而且未治療患者的腦脊液經細胞玻片離心沉淀儀制片和瑞氏-吉姆薩（MGG）染色后，極易查見新型隱球菌。光鏡下，MGG染色的新型隱球菌菌體深藍、圓形（直徑5~15μm）、常成簇排列、無核、莢膜可呈輻射狀，部分菌體可見出芽。
經MGG染色的新型隱球菌著色不受莢膜破裂的影響，且形態特殊，易于辨認，不易漏診。而將腦脊液中的有形物采用離心沉淀法收集，也極大地提高了新型隱球菌的陽性檢出率。樊新紅等發現，腦脊液細胞學檢查首次腰穿新型隱球菌檢出率為95.8％，顯著高于墨汁染色的68.8%。
4.阿利新蘭染色方法簡便快速，為診斷的金標準。但因同為襯染莢膜的染色， 莢膜破裂會造成陽性檢出率的下降。
5. 新型隱球菌菌體計數（血球計數板）法 快速簡便，為診斷的金標準。但有時菌體難與白細胞區分，辨認較困難。
6. 新型隱球菌莢膜多糖體抗原檢測 快速簡便，敏感性和特異性高，但不能作為診斷的金標準。目前多采用乳膠凝集試驗和膠體金法。
7. PCR技術 相對于上述幾種檢測方法，PCR技術成本昂貴，操作復雜，并無優勢可言。
8. 基因組學方法 敏感性高，特異性強。腦脊液培養、墨汁染色、MGG染色、阿利新蘭染色和新型隱球菌菌體計數雖為診斷的金標準，但當病原體數量極少時，皆可呈陰性，且除腦脊液培養外，其余方法均不能鑒別新型隱球菌的類型。新型隱球菌類型的鑒定對于臨床治療具有指導意義。使用二代測序技術（Next Generation Sequencing，NGS)檢測腦脊液中的新型隱球菌，不僅可以檢測出極微量的病原體，提高檢出率，而且還可以進行相關分型，對于新型隱球菌腦膜炎/腦炎早期診斷和治療都具有十分重要的臨床意義。