腹瀉常導致營養不良多種維生素缺乏和多種感染。
1、消化道外感染
消化道外感染可能是腹瀉的病因，但也常因腹瀉后全身抵抗力低下，而受感染常見的有皮膚化膿性感染，泌尿道感染中耳炎上呼吸道感染，支氣管炎肺炎靜脈炎和敗血癥病毒性腸炎，偶有并發心肌炎。
2、鵝口瘡
病程遷延或原有營養不良的患兒，易并發鵝口瘡，尤在長期使用廣譜抗生素后更多，如不及時停藥真菌可侵及腸道甚至引起全身性真菌病。
3、中毒性肝炎
腹瀉病程中可出現黃疸，多見于原有營養不良的患兒，可能大腸桿菌引起的腸炎并發大腸桿菌，敗血癥，導致中毒性肝炎，腹瀉后病情很快加重，出現黃疸后很快死亡，但如及早發現及時注射多粘菌素，氨芐或羧芐青霉素多數可治愈。
4、營養不良和維生素缺乏
腹瀉，遷延日久或反復多次禁食，長期熱量不足易導致營養不良貧血和維A缺乏，久瀉致肝功受損，維生素K吸收減少和凝血酶原減低而致出血。
5、其他
脫水重時可并發急性腎功能衰竭此外有：中毒性腸麻痹，腸出血，腸穿孔，腸套疊和胃擴張，還可因輸液不當引起急性心力衰竭，高鈉或低鈉血癥或高鉀血癥，小嬰兒嘔吐護理不周時可引起窒息。