1、嬰兒室及新生兒病室的工作人員當入室前應嚴格執行洗手消毒制度。人員要相對固定，要求有較強的專業知識和經驗。
2、室內發生流行性腹瀉時應立即消毒隔離，將患兒集中治療。對接觸過患兒的嬰兒集中在另一間觀察，一旦發病即轉入腹瀉病房。流行病區應檢疫至流行停止。至少應另開一間專收新病兒的病房，其中的工作人員應與流行區分開。
3、病兒及接觸過的嬰兒大便培養必須2～3次陰性后方允許出院。留下的衣物、被褥及用具必須嚴格消毒才能再用。出院后的嬰兒如在一周內發生腹瀉必須到原產院或醫院就診，不可收入其他醫院，以免散播。
4、如孕婦發生腹瀉應立即與其他產婦隔離，并積極治療，暫時停止對嬰兒抱奶。嬰兒也應隔離，并做大便培養至陰性時始解除。
5、積極治療患嬰，（詳見小兒感染性腸炎），腹瀉新生兒易發生脫水、酸中毒和低血鉀癥，應及時從靜脈補充液體和電解質，糾正酸中毒，下列補充量作為參考：輕度脫水足月兒120～150ml/kg/d，早產兒150～200ml/kg·d；中度脫水足月兒150～200ml/kg·d，早產兒200～250ml/kg·d；重度脫水足月兒200～250ml/kg·d，早產兒250～300ml/kg·d。補充鈉、鉀、氯離子根據血電解質測試而定，一般情況下生理鹽水與10%葡萄糖液之比例在輕度脫水約為1∶2，中度1∶1，重度1∶1～2∶1。治療酸中毒輕度者在補充液體后會自行糾正，嚴重酸中毒者在基礎液體中增加NaHCO3，第一次量用5%NaHCO31～2ml/kg，待BE或CO2結合力檢查結果出來后則根據BE計算。應補充的NaHCO3mmol數=體重（kg）×0.3×BE數將此量扣除第一次加入NaHCO3量從靜脈緩慢滴入。腹瀉愈重，往往低血鉀也愈重，在脫水和酸中毒初步改善后即需補充鉀離子，約2～6mmol/kg·d，根據低鉀程度而定。從靜脈緩慢滴入不少于8小時。
抗菌藥物除嚴重鼠傷寒桿菌腹瀉選用阿米卡星或頭孢哌酮（或其他第三代頭孢類）外，其他不一定要用抗菌藥物，而用微生態制劑，內含雙歧桿菌、乳酸桿菌或糞鏈球菌（如培菲康、回春生、乳酶生），以嬰兒腸道正常菌種替代過多繁殖的其他微生物，維持腸道正常生態平衡。還可試用思密達（Smecta），每天1g，分3次口服，療程3～6天。該品對病毒、細菌及其毒素有較強吸附作用，且對胃腸粘膜有保護作用。
