病毒性肝炎（30%）：
至今尚無甲肝病毒(HAV)經胎盤引起嬰兒宮內感染的報道，我國是肝炎高發地區，孕母多數具有甲肝IgG抗體，使嬰兒獲得被動免疫，因此3個月以下嬰兒發生甲肝的機會甚小。
乙型肝炎(HBV)及HBsAg攜帶者可通過產時，宮內及產后發生母嬰傳播，以產時感染為主要途徑，母嬰感染率為20%～50%，母HBeAg陽性者，感染率更高，但被感染嬰兒多在生后3個月起，HBsAg陸續開始陽轉，其中少數伴ALT輕度增高，HBV宮內感染率一般報告為2.5%～7.7%，但近年通過臍血淋巴細胞及(或)血清HBV DNA測定，證實宮內感染率可高達22%，HBV宮內感染，除極個別曾報告引起暴發肝炎外，一般均表現為HBsAg持續或一過性陽性，罕見引起膽汁淤積癥狀，HBV產后感染，發病多在3個月以后，因此3個月以內發病的膽汁淤積，由HBV引起者，實際并不多見，尤其母HBsAg等陰性者。
近年已證實丙肝病毒可通過母嬰傳播，嬰兒多在生后3～12周發病。
巨細胞包涵體病毒(CMV)（25%）：
在我國CMV是引起膽汁淤積最主要病原，一般報告約占25%左右，近年采用聚合酶聯反應(PCR)技術，檢測嬰兒肝炎病兒尿中CMV DNA，結果陽性率高達67%～78.3%，而健康兒童對照僅為14.7%～36.8%(P<0.01)。
我國孕母CMV IgG抗體陽性率達94.6%，但嬰兒中膽汁淤積發生率遠沒這么高，這是因為母CMV IgG抗體可通過胎盤，使嬰兒獲一定保護，嬰兒產時，宮內感染CMV后，90%以上并無癥狀，有癥狀者部分有膽汁淤積癥狀，且預后良好，CMV產后感染多引起呼吸道癥狀，罕見引起膽汁淤積。
弓形蟲病(toxoplasmosis)（25%）：
國內人群感染率地區差別較大，報告由1.4%～38.6%，一般<8%，農村顯著高于城市，先天弓形蟲感染可引起流產，早產及死產。存活病例可為隱性感染，也可出現癥狀，后者主要表現為中樞神經系及眼的病變，部分病兒可引起膽汁淤積，有人對75例膽汁淤積進行血清弓形蟲抗體檢測，陽性率為9.3%，而正常對照組為2.5%，說明弓形蟲是嬰兒肝炎病原之一，由于本病藥物治療有效，因此及時診斷十分重要，先天感染診斷可根據血清弓形蟲IgM抗體陽性(如間接熒光抗體試驗)或體液中檢測到弓形蟲(包括其抗原或DNA陽性)，本病對磺胺，乙胺嘧啶，螺旋霉素及克林霉素均有效。
靜脈高營養（10%）：
新生兒采用靜脈營養2周以上，20%～35%小兒可發生膽汁淤積，早產兒可達30%～50%，已證實主要與氨基酸有關，停用靜脈營養1～4個月，肝功能及肝病理變化一般均可恢復。
5.α1-抗胰蛋白酶(α1-AT)缺乏
α1-AT是一種糖蛋白，由肝臟合成，具有較強蛋白酶抑制作用，缺乏時引起肝損害的確切機制尚不詳。
本病屬常染色體共顯性遺傳，根據基因凝膠電泳，人群中至少有24種蛋白抑制物(Pi)等位基因，正常人為PiMM，由α1-AT缺乏所致膽汁淤積病兒均為PiZZ型，西方人中PiZZ約占1/1600～2000活產兒，其中僅11%～20%發生膽汁淤積，7%僅有肝功能異常，余均無癥狀，歐美文獻中，膽汁淤積由α1AT缺乏引起者占5%～18%，日本有少數病例，近年人群調查我國99%以上人為PiMM型，尚未發現有PiZZ基因。
Zellweger綜合征（5%）
又稱腦-肝-腎綜合征，其特點是智能低下，特殊面容(前額突出，前囟大，眼距遠，有內眥，嚴重肌張力低下，多發性骨骼畸形，如軟骨鈣化，股骨骺脫離，腎臟皮層囊腫多無癥狀，本病系膽酸代謝異常所致，病兒多在6個月以內死亡。
