科研設施損壞或被迫關閉;許多外國科研人員離日回國
據《自然》網站報道，日本這次9.0級大地震造成日本許多科研基礎設施和實驗樣品的損壞，給日本的科研帶來很大打擊。
受這次地震影響最嚴重的是日本東北大學，其所在城市仙臺靠近地震震中。該校共有7座建筑遭受不同程度的毀壞，教研活動幾乎完全中斷，各種生活供應也十分緊張，其下屬的原子分子材料科學高等研究機構(WPI-Advanced Institute for Materials Research)，目前的設備損失估計已超過1250萬美元，且還在上升。
遠離震中、地處仙臺南部的質子同步加速器設備J-PARC(Japan Proton Accelerator Research Complex)雖然幸運地躲過一劫，但因為供水中斷和數臺服務器毀壞，該加速器已經關閉。而位于筑波的高能加速器研究機構(High-Energy Accelerator Research Organization)的光子工廠同步加速器卻遭到一定程度的破壞。
此外，東京大學和日本理化研究所(RIKEN)的一些機構則被迫減少供電，并關閉超級計算機等大型設施。
局勢的混亂也使很多非日籍博士后和學生停止手頭的科研任務，紛紛離開日本回國或者呆在宿舍。目前，日本政府正在考慮啟動緊急資金用于大學和研究機構的重建工作。
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