熒光顯微鏡和普通顯微鏡有以下的區別：
1.照明方式通常為落射式，即光源通過物鏡投射于樣品上；
2.光源為紫外光，波長較短，分辨力高于普通顯微鏡；
3.有兩個特殊的濾光片，光源前的用以濾除可見光，目鏡和物鏡之間的用于濾除紫外線，用以保護人目。
熒光顯微鏡也是光學顯微鏡的一種，主要的區別是二者的激發波長不同。由此決定了熒光顯微鏡與普通光學顯微鏡結構和使用方法上的不同。
熒光顯微鏡是免疫熒光細胞化學的基本工具。它是由光源、濾板系統和光學系統等主要部件組成。是利用一定波長的光激發標本發射熒光，通過物鏡和目鏡系統放大以觀察標本的熒光圖像。