質譜儀種類非常多，工作原理和應用范圍也有很大的不同。從應用角度，質譜儀可以分為下面幾類：
有機質譜儀：
由于應用特點不同又分為：
氣相色譜-質譜聯用儀(GC-MS)
在這類儀器中，由于質譜儀工作原理不同，又有氣相色譜-四極質譜儀，氣相色譜 質譜-飛行時間質譜儀，氣相色譜-離子阱質譜儀等。
液相色譜-質譜聯用儀(LC-MS)
同樣，有液相色譜-四級桿質譜儀，液相色譜-離子阱質譜儀，液相色譜-飛行時間質譜儀，以及各種各樣的液相色譜-質譜-質譜聯用儀。
其他有機質譜儀，主要有：
基質輔助激光解吸飛行時間質譜儀(MALDI-TOFMS)，傅里葉變換質譜儀(FT-MS)
無機質譜儀，包括：
火花源雙聚焦質譜儀。
感應耦合等離子體質譜儀(ICP-MS)。
二次離子質譜儀(SIMS) ，但以上的分類并不十分嚴謹。因為有些儀器帶有不同附件，具有不同功能。例如，一臺氣相色譜-雙聚焦質譜儀，如果改用快原子轟擊電離源，就不再是氣相色譜-質譜聯用儀，而稱為快原子轟擊質譜儀(FAB MS)。另外，有的質譜儀既可以和氣相色譜相連，又可以和液相色譜相連，因此也不好歸于某一類。在以上各類質譜儀中，數量zui多，用途zui廣的是有機質譜儀。
除上述分類外，還可以從質譜儀所用的質量分析器的不同，把質譜儀分為雙聚焦質譜儀，四級桿質譜儀，飛行時間質譜儀，離子阱質譜儀，傅立葉變換質譜儀等。
