除了人工解析碎片離子譜外，還有兩種基本檢索手段用于匹配數據庫中序列產生的碎片離子譜。
第一種方法依靠人工解析部分譜圖來鑒別某一特定系列 (b 或v) 離子的連續離子元素（例如鑒別出相互之間相差一個氨基酸殘基質量的碎片離子），解析出部分序列信息，再結合以下參數：①鑒定出的系列中第一個離子的質量數；②肽段質量與最后一個離子質量之差（這兩個質量數限制了此序列兩端未知殘基的總質量），③此完整肽段的質量，④所用蛋白水解酶的酶切持性（在 N 端 'C 端都切還是只切一端）。這五種信息組成了肽序列標簽 "PST" (peptide sequence tag, PST) 。在序列數據庫中可以檢索出符合 PST 各元素內容的肽序列。
第二種類型的碎片離子檢索程序是真正的用未解析的碎片離子信息檢索的程序，稱為 SEQUEST。其檢索手段首先是在數據庫中的每個序列中尋找與實驗測量肽離子質量 致的肽段（在一定誤差范圍以內）、肽段質量計算值是其連續氨基酸質量之和，在檢索時如有必要，還要利用蛋白酶的酶切位點特異信息。對檢索到的每一個候選隊，程序計算出其在相同CID 實驗條件下預期產牛的碎片離子質量數。然后用簇分析算法 (cluster-analysis algorithms) 將前 500個計算值與實驗測得的碎片離子譜比較。每一個比較結果都有一個得分值，報告出得分最高的結果，如果得分值有顯著性意義 則蛋白質鑒定成功。此方法的鑒定基礎是未經任何解析的肽段碎片離子質譜圖。在數據依賴LC-MS/MS 分析中可以自動化地應用這一技術。分析過程中，肽段經反相 HPL( 分商，電噴霧進入聯機質譜儀，此質譜儀可進行數據依賴的 MS/MS 分析，即將離子流超過一定閾值的所有離子打碎進行MS/MS 分析，并記錄所打的譜，自動提交檢索。這種自動化手段有許多優點：
(1) 復雜的蛋白質混合物可以被逐個鑒定，因為每一個做 MS/MS 分析的肽段產生的碎片離子數據都獨立進人數據庫檢索.,
(2) 在這種類型的分析中，來自于每一個肽段的碎片離子譜都代表一個獨立的數據庫檢索。如果一個單一的蛋白質被酶解 蛋白質鑒定結論基本上能夠自動確定，因為在多肽段檢索結果中，應該是同一個蛋白位于般高排位,
(3) 如上所述，這一方法的自動化程度高。
(4) 通過指導程序可以預測某一特定殘基上的特定修飾，此方法適用于尋找行特定翻譯后修飾的肽段，同樣可以以鑒定產生這一翻譯后修飾肽段的蛋白質 展開 | 