果膠類物質與細胞壁半纖維素等有共價鍵結合，并與其它細胞壁多聚體通過次級鍵結合。多價陽離子，尤其是鈣離子存在時，因陽離子鍵合的結果，引起低酯果膠類物質的不溶性和降低高酯果膠的浸脹性。另外，纖維狀果膠類物質大分子間以及其它多聚體之間，存在著復雜的機械性牽絆，也影響果膠類物質的溶解性。所以，單用酸法不能完全解除果皮中多價陽離子及其它雜質對果膠的束縛或牽絆。同時，由于果皮中多價金屬離子、低分子物質和色素等果膠以外的種種物質經酸法處理后仍留于果膠中，這些不純物給果膠的品質帶來不良影響，表現在果膠的膠凝度不強、灰分含量高、果膠色澤較差。
因此，果膠提取時，采用酸水解同時結合離子交換樹脂的方法。首先，酸可使原果膠溶解，由于酸水解纖維素，果膠多糖復合物，或者由于酸使水不溶性大分子降解，果皮中多價陽離子溶出，陽離子交換樹脂通過吸附陽離子，從而加速原果膠的溶解，提高果膠的質量和得率。陽離子交換樹脂可以吸附分子量為500以下的低分子物質，解除果膠的一些機械性牽絆，因而也可提高果膠的質量和得率。