枯草芽孢桿菌通過成功定殖至植物根際、體表或體內，與病原菌競爭植物周圍的營養，分泌抗菌物質以抑制病原菌生長，同時誘導植物防御系統抵御病原菌入侵，從而達到生防的目的。枯草芽孢桿菌主要可以抑制由絲狀真菌等植物病原菌所引起的多種植物病害。現報道的從作物的根際土壤、根表、植株及葉片上分離篩選出的枯草芽孢桿菌菌株對不同作物的眾多真菌和細菌病害具有拮抗作用。如糧食作物中的水稻紋枯病、稻瘟病，小麥紋枯病，豆類根腐病。蔬菜病害中的番茄葉病、枯萎病，黃瓜 枯萎病菌、霜霉病，茄子灰霉病和白粉病，辣椒疫病等。枯草芽孢桿菌還可以控制采后水果的多種疫病如蘋果霉心病，柑橘青霉病，油桃褐腐病，草 莓灰霉病和白粉病，香蕉枯萎病、冠腐病、炭疽病，蘋 果梨青霉病、黑斑病、潰瘍病，金花梨果腐病。 此外枯草芽孢桿菌對楊樹潰瘍病、腐爛病、樹黑斑病 及炭疽病，茶輪斑病，煙草炭疽病、黑脛病、赤星病 菌、根腐病，棉花立枯病、枯萎病等也有較好的防治作用。