1、柯薩奇病毒A型感染
潛伏期1～3天，上呼吸道感染，起病急，流涕、咳嗽、咽痛、發熱，全身不適。典型癥狀為皰疹性咽峽炎，即在鼻咽部、會厭、舌和軟腭部出現小皰疹，黏膜紅腫，淋巴濾泡增生、滲出，扁桃體腫大，伴吞咽困難，食欲下降。皮疹可為皰疹和斑丘疹，主要分布于軀干外周側、背部、四肢背面，呈離心性分布，尤以面部、手指、足趾、背部皮疹多見，故稱手、足、口三聯癥。柯薩奇病毒A型感染兒童多見。臨床表現除上述外，主要特點為急性發熱、皮疹。腦膜腦炎伴有Guillain-Barré綜合征和急性病毒性心肌病。
2、柯薩奇病毒B型感染
引起特征性傳染性胸肋痛即所謂Bornholms病。可合并腦膜腦炎、心肌炎、發熱、肝炎、溶血性貧血和肺炎。