（一）標準PCR實驗室的工作區
（1）試劑準備區
設置有實驗桌、柜子、冰箱、可移動紫外燈、與標本制備區連通的傳遞窗和椅子，在實驗桌上可放置實驗儀器設備（包括離心機、震蕩器、移液器、離心管、廢液缸和垃圾筒等）。
（2）標本制備區
設置有實驗桌、冰箱、生物安全柜、可移動紫外燈、水槽和椅子，在實驗桌上和生物安全柜內還放置有實驗儀器設備（包括離心機、恒溫金屬浴、移液器、離心管、廢液缸和垃圾筒等）。
（3）PCR擴增區
設置有實驗桌、柜子、與標本制備區連通的傳遞窗和椅子，在實驗桌上放置有實驗儀器設備（包括定量PCR擴增儀、電腦、打印機、廢液缸和垃圾筒等）。前面設置有專用走廊，走廊的一側是各實驗區的緩沖區。三間實驗區的布置依次為試劑準備區，標本制備區以及PCR擴增區。
（二）標準PCR實驗室各工作區之間注意事項
（1）各工作區必須有明確的標記，避免不同工作區域內的設備、物品濫用。
（2）進入各工作區域必須嚴格按照單一方向進行，即：試劑準備區→標本制備區→PCR擴增區。
（3）不同的工作區域使用不同的工作服，工作人員離開各工作區域時，不得將工作服帶出。
（三）氣流方向設置
（1）為了防止環境對擴增產物的影響，按臨床基因擴增實驗室調協要求，各實驗區的氣流設置方向為：空氣由試劑準備區流向緩沖區，標本制備區流向緩沖區，緩沖區流向PCR擴增區（如圖3所示）。
（2）工作時，應使緩沖區、緩沖區和PCR擴增區為負壓，其它各室為“0”壓或“+”壓。可打開緩沖區，緩沖區和PCR擴增區的排風扇往外排氣，并且在實驗區的外墻上各扇門上都安裝有風量可調的回風口，空氣通過回風口向室內換氣。