采集原則
①在最適宜的時間收集標本，最好在使用抗生素之前或感染急性期采集。
②采集標本要有代表性和針對性，不同情況應區別對待，適宜地采取相應的方法收集標本，如尿液標本疑為厭氧菌感染時，應行恥骨上緣穿刺術取膀胱尿培養。
③采集標本必須來自實際感染的部位，嚴格無菌操作盡可能避免外源性污染。
④收集標本應當使用合適的收集器材、容器和培養基，以保證最大限度的發現微生物。
⑤標本采集、運送過程中要有專人負責，避免人為操作失誤。
⑥采集標本不僅要防止被污染，同時也要注意安全，防止傳播和自身感染。
處理原則
一些對環境敏感的細菌如腦膜炎奈瑟菌、淋病奈瑟菌和流感嗜血桿菌等應保溫并立即送檢，而其他所有的標本采集后最好在2h之內送到實驗室。若不能及時送檢，標本應置于一定環境中保存，如尸檢組織、支氣管洗液、心包液、痰、尿等標本應保存在4℃環境中。腦脊液、滑膜液等則要在25℃保存。一般情況下，用于細菌培養的標本保存時間不應超過24h。
厭氧性標本應放在專門的運送瓶或試管內運送，有時可直接用抽取標本的注射器送。