rRNA的分子量較大，結構相當復雜，目前雖已測出不少rRNA分子的 一級結構，但對其二級、 三級結構及其功能的研究還需進一步的深入。 原核生物的rRNA分三類：5SrRNA、16SrRNA和23SrRNA。 真核生物的rRNA分四類：5SrRNA、5.8SrRNA、18SrRNA和28SrRNA。S為大分子物質在超速離心沉降中的一
個物理學單位，可間接反映分子量的大小。 原核生物和真核生物的核糖體均由大、小兩種 亞基組成。
在人基因組的四種rRNA基因中， 18S、5.8S和28S rRNA基因是串聯在一起的，每個基因被 間隔區隔開， 5S的rRNA基因則是編碼在另一條染色體上。
核糖體RNA在各種生物中都有其特性，因此可以從不同生物的rRNA的對比中得出關于 生物進化歷程的結論。
rRNA為 肽酰轉移酶(peptidyl transferase)時，催化使 肽鍵形成，不需要額外的能量。
過去認為，大亞基的蛋白質具有酶的活性，促使肽鍵形成，故稱為轉肽酶。20世紀90年代初，H.F.Noller等證明大腸桿菌的23SrRNA能夠催化肽鍵的形成，才證明核糖體是一種 核酶，從而根本改變了傳統的觀點。核糖體催化肽鍵合成的是rRNA，蛋白質只是維持rRNA構象，起輔助的作用。