測定rRNA的空間排列方式的方法主要有電鏡法和交聯法。其功能部位通過幾種方法確定在70S核糖體圖中顯示了rRNA分子的結合部位和方向。在電鏡下,16SrRNA的排列呈V型,一個臂比一個臂稍厚和長。23S的大小和形狀可與50S"皇冠"式樣很好匹配。有結論認為,rRNA形成了核糖體亞基的骨架,蛋白質與其結合。一般來說,rRNA骨架不發生大的構象改變。用免疫電鏡法已確定在亞基內rRNA的某些特征。使用抗N6,6-二甲基腺苷(位于16SrRNA3'末端24和25位)抗體,確定了修飾堿基區段(指16SrRNA3'端約25個堿基)位于30S亞基頭和體之間。16SrRNA的第526位的m7G處于30S上1/3和下2/3交界處。16S、5S和23SrRNA的內部交聯已被研究。證明在5SrRNA內G41和G72交聯,這種交聯屬三級結構反應,利用此反應已經構建了一處改進的5SrRNA分子三維模型。此外,RNA-蛋白質交聯研究也是測定亞基內rRNA分子空間排列的非常有用的方法。
現在一般認為,核糖體的基本功能依賴于其中的rRNA,核糖體蛋白質起著加強rRNA功能的作用。核糖體最初由rRNA構建,在進化過程中一些蛋白質加在其上。在體內外的實驗均證明了缺乏某些蛋白質的核糖仍有生物活性；此外,rRNA基因(rDNA)突變及甲基化等均可引起對抗菌素(如紅霉素、 氯霉素)的抵抗。 [2]