（一）DNA的凝膠電泳：凝膠電泳是分子克隆的中心技術之一。
瓊脂糖凝膠用于分離大于200～1000bp的片段;操作簡單、快速，且分離范圍廣，分辨率高。
2.聚丙烯酰胺凝膠用于分離5－500bp的片段; 效果好、分辨率極高，相差1bp的DNA片斷就能分開，能容納相對大量的DNA ，用于核苷酸多態性的分析。
瓊脂糖凝膠電泳的基本過程
材料：電泳緩沖液（常用TAE或TBE）、電泳級瓊脂糖、溴化乙錠溶液（核酸顯示劑）、加樣緩沖液（保證核酸不在加樣孔中擴散和用于電泳時間的指示系統）、水平凝膠電泳裝置及制膠系統、直流電源系統。
基本過程：制膠→放入電泳槽中并加入電泳緩沖液→取出梳子→將適量的核酸樣品和上樣緩沖液混合并上樣于加樣孔中→一定電壓條件下電泳→合適的時間后停止電泳→取出凝膠進行溴化乙錠染色→凝膠成像系統紫外燈下觀察并照相保存結果
注意：溴化乙錠具有致癌性，操作時要帶手套；不同濃度瓊脂糖的凝膠分離范圍；影響DNA在凝膠中遷移速率的因素：1、DNA分子的大小；2、構象；3、凝膠濃度；4、電壓；5、緩沖液
特殊的凝膠電泳
1、倒轉電場凝膠電泳（FIGE）：用于分離分子量10～2000kb的DNA分子；
2、鉗位均勻電場電泳（CHEF電泳）：可分離大于107bp的DNA分子。
（二）RNA 電 泳
基本過程同DNA電泳一樣，但應明確一點的是，因為RNA分子對RNA酶的作用非常敏感，因此必須用對RNA酶有抑制作用DEPC水來配置所有溶液，所有與RNA接觸的儀器和裝置都要嚴格處理以盡量減少RNA酶對樣品的降解；另外，因為RNA分子有二、三級結構可以影響其電泳結果，因此電泳時應在變性劑存在下進行，常用的變性劑為甲醛和戊二醛。