DNA疫苗具有許多優點：
①DNA接種載體（如質粒）的結構簡單，提純質粒DNA的工藝簡便，因而生產成本較低，且適于大批量生產；
②DNA分子克隆比較容易，使得DNA疫苗能根據需要隨時進行更新；
③DNA分子很穩定，可制成DNA疫苗凍干苗，使用時在鹽溶液中可恢復原有活性，因而便于運輸和保存；
④比傳統疫苗安全，雖然DNA疫苗具有與弱毒疫苗相當的免疫原性，能激活細胞毒性T淋巴細胞而誘導細胞免疫，但由于DNA序列編碼的僅是單一的一段病毒基因，基本沒有毒性逆轉的可能，因此不存在減毒疫苗毒力回升的危險（Davis等，1999），而且由于機體免疫系統中DNA疫苗的抗原相關表位比較穩定，因此DNA疫苗也不像弱毒疫苗或亞單位疫苗那樣，會出現表位丟失（Donnelly等，1999）；
⑤質粒本身可作為佐劑，因此使用DNA疫苗不用加佐劑，既降低成本又方便使用（Babiuk等，1999）；
⑥將多種質粒DNA簡單混合，就可將生化特性類似的抗原（如來源于相同病原菌的不同菌株）或1種病原體的多種不同抗原結合在一起，組成多價疫苗，從而使1種DNA疫苗能夠誘導產生針對多個抗原表位的免疫保護作用，使DNA疫苗生產的靈活性大大增加。