是最近出現的，又稱DNA疫苗或基因疫苗，它們是把病原體免疫原的基因片斷和質粒載體一起直接注射到宿主體內，使這段基因表達作為免疫原的蛋白質，并誘導生成特異性體液抗體和CTL細胞。自1993年初次報道流感病毒核酸疫苗以來，已在多種細菌、病毒、原蟲等病原體中研制成核酸疫苗。由于核酸疫苗能夠使外源基因直接在宿主體細胞內完成表達和后加工，能完整地保留產物的天然結構和免疫原性，還能同時誘生體液和細胞免疫；并可大量制備，成本低，所以核酸疫苗的問世被譽為疫苗學中的一次革命。對核酸疫苗的確切作用機制，以及接種人體后的安全性等問題正在繼續深入研究之中。
