與傳統的滅活疫苗、亞單位疫苗和基因工程疫苗相比，核酸疫苗具有如下優點：
1 免疫保護力增強
DNA
接種后蛋白質在宿主細胞內表達，直接與組織相容性復合物MHCI或II類分子結合，同時引起細胞和體液免疫，對慢性病毒感染性疾病等依賴細胞免疫清除病原的疾病的預防更加有效。
2 制備簡單，省時省力
核酸疫苗作為一種重組質粒，易在工程菌內大量擴增，提純方法簡單，且可將編碼不同抗原基因的多種重組質粒聯合應用，制備多價核酸疫苗，這樣可大大減少人力、物力、財力以及多次接種帶來的應激反應。
3 同種異株交叉保護
這是基因疫苗的最大優點之一。在制備基因疫苗時，可通過對基因表達載體所攜帶的靶基因進行改造，從而選擇抗原決定簇。
4 應用較安全
接種核酸疫苗后，蛋白質抗原在宿主細胞內表達，無因毒力返祖或殘留毒力病毒顆粒而引發疫病的危險，也不會引起對機體的不良反應。
5 產生持久免疫應答
免疫具有持久性，一次接種可獲得長期免疫力，無需反復多次加強免疫。Wolff等報道，在注射后19個月仍可檢測到外源基因相當數量的表達。
6 貯存、運輸方便
核酸疫苗的質粒DNA穩定性好，便于貯存和運輸，無須冷藏。
7 可用于防治腫瘤
CTL應答也是機體殺死癌變細胞的有效清除途徑。若能找到在細胞惡性轉化過程中的關鍵蛋白，就能制備腫瘤的CTL疫苗。該基因疫苗接種后，可誘發機體產生CTL免疫應答，對細胞的惡變進行免疫監視，對癌變的細胞產生免疫應答，從而為癌癥的預防和免疫治療提供強有力的新式武器。