根據抗原的來源可將抗原分為：
（1）異種抗原（xenoantigens）：病原微生物、類毒素等不同種族之間的抗原；
（2）同種異型抗原（9alloantigens）：存在于同一種族不同個體之間的抗原，如HLA，ABO血型抗原，Rh抗原, MHC等；
（3）自身抗原（autoantigens）：自身成分，分為隱蔽的自身抗原、改變的自身抗原等，如眼晶狀體蛋白等；
（4）異嗜性抗原（heterophilic antigens）：又稱Forssman抗原，存在于不同物種間表面無種屬特異性的共同抗原，可存在于動物、植物、微生物及人類中，如溶血性鏈球菌于人心內膜或腎小球基底膜所具有的共同抗原就是異嗜性抗原。
此外，抗原還可分為：
（1）內源性抗原：指免疫效應細胞的靶細胞自身所產生的抗原；
（2）外源性抗原：指非APC自身所產生的抗原。以及天然抗原(natural Ag)、人工抗原(artificial Ag)、合成抗原(synthetic Ag)等。