芯片技術
多路復用蛋白質分析技術最近研制成功，主要包括兩種子技術：平板芯片和球形芯片。
平板芯片：該技術采用一塊二維微芯片，芯片內含針對各種分析所定義的反應位點。通過可溶階段的配合基，平板芯片可以對蛋白質、代謝物及其他分子組成的混合物中的幾種固定化蛋白進行同時檢測。
幾年前，某研究小組制造了一種內置1152個反應位點的自身抗原芯片。這種平板芯片采用聚左旋賴氨酸包被的玻璃載玻片作為固體載體。將196種不同的假定自身抗原以4個或8個復制組的形式進行點樣，由此產生有序陣列。結合在固體基質上的蛋白質包括36種重組或純化蛋白質、6種核酸抗原以及154種重疊和免疫顯性合成肽，這些肽來自于核內小分子核糖核蛋白、Sm抗原蛋白、多聚（二磷酸腺苷-核糖）聚合酶以及H1、H2A、H3和H4組蛋白。在芯片內可進行針對磷酸化激活修飾蛋白的抗體試驗。通常以熒光素Cy3標記的羊抗人IgG作為芯片試驗的標記物。
試驗可以檢測出納克/毫升濃度水平的抗體，而且線性范圍達三個對數。分析靈敏度一般高于酶聯免疫吸附分析法(ELISA)。
此項研究所暴露出的一個技術問題是，幾種Sm抗原和組蛋白因點樣技術被滅活了。據推測，蛋白與固體表面的結合是抗原表位丟失的原因。研究人員表示，或許可以通過優化結合化學性質或者改進表面包被技術來糾正這一問題。此外，一些結合在載玻片上的抗原還受到蒸發速度過快的不利影響。
另一組研究人員也進行了一項試驗，他們把14種自身抗原復本以及空白對照和校準品點樣在聚苯乙烯孔中（圖1），然后將辣根過氧化物酶標記的抗人IgG與可激活的化學發光底物同時使用，并且通過以電荷耦合器件（CCD）攝像機為基礎的芯片檢測儀記錄到了光信號。通過人IgG校準品進行抗體定量。該技術將最常用的臨床試驗整合在一塊簡單的微型芯片上。就分析結果而言，這種塑料芯片與商用分析試劑盒不相上下。
作為臨床試驗室和生物醫學研究的專用自動化平臺，Randox Evidence采用了蛋白質生物芯片技術，通過CCD攝像機對化學發光反應產生的發射光進行探測。
球形芯片：多路復用蛋白質分析技術的第二種子技術采用了一種微球裝置懸浮液，每個裝置代表了一種不同的分析試驗。該系統有時被稱為液體芯片。通過熒光染料對這種微球（直徑約5微米的塑料小球）進行內部編碼，并分別用于多路復用分析的具體試驗。通過流式熒光分光光度法對小球進行檢測。
對微球懸浮液進行自身免疫多路復用分析通常采用Luminex公司（美國德州，Austin）開發的技術。通過該公司的xMAP技術，經熒光團編碼的微球在不同的分析中起到條形碼的作用。6 每個小球裝置可以通過具有不同生物測定特異性的試劑進行包被，分析物由小球裝置中的不同紅光和近紅外線熒光染料濃度確定。這樣就可以對樣品中的特定分析物進行捕捉和檢測（圖2）。分析儀通過一道激光束激活小球的內部染料（這種染料將微球分為不同類別），而另一道激光則激活報告染料（通常是B-藻紅蛋白），測定過程中該激發光將被捕捉。各小球裝置可以獲得幾十個到幾百個讀數。
Luminex 100流式設備通過數字信號處理技術按照預先設定的分布區域對各個微球進行分類。每個微球表面都含有多個羧基，這些羧基可以作為蛋白質共價連接的位點。通過一系列校準品對小球表面的報告染料進行定量測定。
微球具有較小的體積和較大的表面積，比平面固相芯片具有更好的反應動力學性能。而且，微球在懸浮液中的流動性也優于靜態平板芯片。將樣品均勻分布到所有平板芯片區域極為關鍵，但是對于懸浮芯片這一點卻無關緊要。
目前已有多篇利用Luminex技術進行自身免疫研究的研究報道。其中一個試驗同時檢測了5種可提取性核自身抗原，與公認的單一試驗ELISA法相比具有良好的相關性。另一個小組研究了37名干燥綜合癥患者血清中的抗核抗原(ANAs)和可提取性核抗原。他們分別在84%和76%的患者血清中檢測到干燥綜合癥A抗原和B抗原(SSA和SSB)的抗體。
Bio-Rad Laboratories公司(美國加州，Hercules)的BioPlex 2200 ANA篩查儀是一種以Luminex為基礎的全自動系統，可以同時測定13種自身免疫抗體的水平。一項臨床研究表明，這種ANA篩查儀的特異性與ELISA ANA篩查試驗不相上下。 與ELISA試驗相似，該BioPlex系統的陽性率低于用于自身抗體篩查的間接免疫熒光試驗。
優點和缺點：這兩種多路復用技術（懸浮和平板芯片）各有優缺。二維微芯片技術在蛋白質或核酸的高密度篩查（包括100多種的試驗）方面非常出色。平板芯片尤其適用于單一試驗中對從細菌到人的各種生物體的整個基因組或蛋白質組進行同時分析。微球芯片在臨床試驗室中的優勢尤為突出，這些試驗中的檢測分析物都是精心設定而且通過較小的面板進行測定。
微芯片技術有時缺乏高通量臨床應用所必需的重復性。這主要是因為平板芯片的制備需要序列化的生產過程。相反，微球芯片的大量生產具有平板芯片不易達到的分析重復性。
此外，平板芯片的超靜定性和統計檢驗水平也不如微球芯片。這是因為每個測定裝置在一次多路復用小球反應中通常會檢測數百個微球，每個小球代表一種不同的免疫測定，而且在計算結果前即可將數據集中的異常值排除在外。
懸浮芯片有助于根據客戶要求將配合基與每個小球裝置進行偶合。結合在不同小球裝置上的配合基可以在不同結合化學性質和反應條件下進行反應。每種配合基的純度可能各不相同，例如有的像細胞裂解液一樣，而有的像重組蛋白一樣。每個小球裝置與配合基之間可以使用不同的接頭。最后，在每個小球裝置制造時可以采用不同的包被后或封閉步驟。