植物根系分析儀的基本原理是將掃描系統與圖形分析軟件結合起來,利用圖像分析軟件對掃描的根系圖像進行分析,計算出根系長度、表面積、體積、根尖數量等指標。其中系統可以全方位拍攝根系的立體光照片,是非破壞性的原位分析系統,非常適合于研究植物根系對脅迫的動態響應。根系掃描儀的應用降低了研究者對根系參數獲取的難度,但高精確度以及對大田植株整體根系的動態監測還難以實現。