植物作為生產YY蛋白的生物反應器，為人類提供了一個更加安全和廉價的生產體系，與微生物發酵、動物細胞和轉基因動物等生產系統相比，它具有許多潛在的優勢。以生物學生產要求很高的疫苗為例，它的優點有：
①技術較成熟，成本低廉，使用方便，易于推廣;
②植物具有完整的真核細胞表達系統，能準確地進行翻譯后加工;
③無須提取純化過程，可直接食用免疫;
④比傳統的免疫途徑更有效，植物細胞中的疫苗抗原通過胃內的酸性環境時可受到細胞壁的保護，直接到達腸內黏膜誘導部位，刺激黏膜和全身免疫反應;
⑤安全性好，不需要注射器和針頭之類的設備，避免了某些血液傳播疾病。
如果不以整株植物作為生產單位，而是用帶有生產目的產物特性的植物細胞或組織作為生產單位，結合植物細胞培養和發酵工程方法，則可以像微生物發酵生產一樣大規模工廠化生產目的產物。與人工栽培相比較，這種生產方式具有獨特的優點：
①節約自然資源，減少對土地資源的占用，同時不受地區、季節、氣候等自然條件的影響;
②細胞培養個體差異小、試驗周期短，便于控制，能節省人力、物力;
③可以篩選高產的細胞株，并通過合理實施次生代謝過程的調控提高生產率。
與微生物生物反應器和動物生物反應器相比，植物生物反應器具有如下的優越性：
①比較廉價，利用植物生產系統容易大規模生產來自動物、人類、細菌、病毒等的外源蛋白，成本低廉。
②合成外源蛋白相對比較安全，細菌作為生物反應器時，不能對真核生物的蛋白進行有效的翻譯后加工，而且本身可能是人類病原物。
③植物轉基因操作和克隆技術比較成熟，在克隆技術方面，轉基因動物的克隆還處于起步階段，然而植物的克隆技術如組織培養、器官培養、細胞培養等已相當成熟。因此，植物生物反應器具有很大的優越性。