微生態學是植物病害生態防治的重要理論依據，它是由德國科學家首先提出。微生態學是一切生物體與其內環境的平衡與調整的理論總結。植物病害檢測儀就是通過微生態學原理達到防治植物病害的目的。具體來說就是通過在病原微生物與植物相互作用的理論認識上，進行植物病害的防治。
植物病害檢測儀的生物防治是在農業生態系統中調節寄主植物的微生物環境，使其利于寄主而不利于病原或者使其對寄主與病原物的相互作用發生有利于寄主而不利于病原物的影響，從而達到防治病害的目的。上述概念表明，人們對病害生物防治的認識已從單純依靠頡頏性微生物來控制病原或病害，發展到借助多種因素來創立一個有利寄主而不利病原物或病害發展的生物環境，以實現防治病害。
植物微生態學是研究正常微生物種群和植物之間相互關系的科學。和植物相聯系的微生物中除植物病原菌外，還有許多非病原微生物。根據植物病害檢測儀的研究它們對植物的有益影響表現在兩個方面：一是為植物提供營養，如菌根菌和根瘤菌；二是通過對病原微生物產生抗生作用、寄生作用和捕食作用或通過誘導植物產生抗性而減輕病害發生。
植物病害的發生從某種意義上來說是植物微生態環境的失衡，因此植物病害檢測儀可以通過微生態原理對植物微生態進行平衡與調節，從而防止與治療植物微生態病理性失調，使其有利于向植物的微生態平衡方向發展
