蛋白酶廣泛存在于動物內臟、植物莖葉、果實和微生物中。微生物蛋白酶，主要由霉菌、細菌，其次由酵母、放線菌生產。
催化蛋白質水解的酶類。種類很多，重要的有胃蛋白酶、胰蛋白酶、組織蛋白酶、木瓜蛋白酶和枯草桿菌蛋白酶等。蛋白酶對所作用的反應底物有嚴格的選擇性，一種蛋白酶僅能作用于蛋白質分子中一定的肽鍵，如胰蛋白酶催化水解堿性氨基酸所形成的肽鍵。蛋白酶分布廣，主要存在于人和動物消化道中，在植物和微生物中含量豐富。由于動植物資源有限，工業上生產蛋白酶制劑主要利用枯草桿菌、棲土曲霉等微生物發酵制備。
