在口腔內能分離的菌有15種，包括：干酪乳桿菌（L.caei）：亞種有干酪亞種（L.casei subst）、副干酪亞種（L. paracasei subs）、嗜酸乳桿菌（L.acidophilus）。亞種有：嗜酸亞種（L.acidophilus subsp）、卷曲亞種（L.crispatus），其他菌種有發酵乳桿菌（L.ferments）、唾液乳桿菌（L.salivarius）、植物乳桿菌（L.plantarum）、短乳桿菌（L.brevis）、布氏乳桿菌（L.buchneri）、戈氏乳桿菌（L.gassert）、口乳桿菌（L.orzs）、鼠李糖乳桿菌（L.rhamnosus）、齒齦乳桿菌（L.uli）、玉米乳桿菌（L.zeae） [3] 在人的排泄物中發現了3種乳桿菌：嗜酸乳桿菌、發酵乳桿菌和唾液乳桿菌。 [8]
干酪乳酸桿菌（L.casei）、保加利亞乳酸桿菌（L.bulgaricus），嗜酸乳酸桿菌（L.acidophilus）、嗜熱乳酸桿菌（L.thermophilus）等。 這些菌常用來作為乳酸，干酪、酸乳等乳制品生產的發酵菌種。