分子雜交是通過各種方法將核酸分子固定在固相支持物上，然后用放射性標記的探針與被固定的分子雜交，經顯影后顯示出目的DNA或RNA分子所處的位置。根據被測定的對象，分子雜交基本可分為以下幾大類：
(1) Southern雜交:DNA片段經電泳分離后,從凝膠中轉移到硝酸纖維素濾膜或尼龍膜上,然后與探針雜交。被檢對象為DNA,探針為DNA或RNA。
(2) Northern雜交:RNA片段經電泳后,從凝膠中轉移到硝酸纖維素濾膜上,然后用探針雜交。被檢對象為RNA,探針為DNA或RNA。
根據雜交所用的方法,另外還有斑點(dot)雜交、狹槽(slot)雜交和菌落原位雜交等。有3種固相支持體可用于雜交:硝酸纖維素濾膜、尼龍膜和Whatman 541濾紙。不同商標的尼龍膜需要進行不同的處理，在DNA固定和雜交的過程中要嚴格按生產廠家的說明書來進行。Whatman 541濾紙有很高的濕強度,最早用于篩選細菌菌落。該濾紙主要用于篩選一些基因文庫。固定化DNA的雜交條件基本與使用硝酸纖維素濾膜時所建立的條件相同。Whatman 541濾紙與硝酸纖維素濾膜相比有一些優點:它更便宜,雜交中更耐用,干燥過程中不易變形和碎裂等。然而若變性過程不小心,雜交信號的強度會明顯弱于用硝酸纖維素濾膜時所得到的信號強度。因此,常規的細菌篩選和各種雜交時仍選用硝酸纖維素濾膜作為固相支持體。