腦分水嶺梗死診斷明確，在尋找病因的同時，應積極糾正低血壓狀態，治療心臟病與頸動脈病變，以改善腦灌注非常重要。腦分水嶺梗死發生機制中最主要原因為體循環低血壓、腦的大動脈狹窄或閉塞、心臟疾患等3方面，動脈粥樣硬化是最重要的基礎病因。從而提示在治療過程中，應重視改善缺血區腦循環的同時，更要注意防止出現血壓過低、矯枉過正，從而加重腦分水嶺梗死。另外，多數病例不只具有一種病因，往往合并兩種至數種病因，所以在治療腦分水嶺梗死時，要兼顧病因治療和腦分水嶺梗死治療。
腦分水嶺梗死的治療原則同急性腦梗死一樣，都是神經內科的急癥，要以綜合治療及個體化治療為原則。在疾病發展的不同時期，針對不同病情、病因采取相應的措施。積極改善和恢復缺血區的血液供應，促進腦微循環，阻斷和終止腦梗死的病理進程。
