1.功能性食管病
（1）功能性燒心 患者有燒灼樣胸骨后不適或疼痛。
（2）食管源性的功能性胸痛 患者有非燒灼樣胸骨后疼痛或不適。
（3）功能性吞咽困難 患者對固體和（或）液體食物粘附、留存或通過食管感覺異常。
（4）癔球癥 患者持續或間斷發作的咽喉部非疼痛性團塊感或異物感，好發于中年婦女。
2.功能性胃十二指腸病
（1）功能性消化不良 必須符合以下一點或一點以上：餐后飽脹不適；早飽；上腹痛；上腹灼燒感，癥狀描述確切，不像羅馬Ⅱ型診斷標準曾有多種癥狀表述，包括上腹不適、胃脹氣、惡心等癥狀，診斷概念模糊，使醫生不易掌握。
（2）噯氣癥 分吞氣癥和非特異性過度噯氣，噯氣時常伴隨響亮的聲音。
（3）惡心與嘔吐癥 分慢性特發性惡心、功能性嘔吐及周期性嘔吐綜合征。慢性特發性惡心：發作頻繁，不常伴嘔吐；功能性嘔吐：嘔吐平均每周發作1次或1次以上；周期性嘔吐綜合征：同樣的嘔吐反復急性發作，但每次發作，持續不超過1周，患者常有偏頭痛家族史或病史。
（4）反芻綜合征 患者持續或反復將剛進食、咽下不久的食物反流口中，然后吐出或重新咀嚼吞咽，反食前無干嘔。患者不存在食管運動障礙，亦無胃食管反流病，食管24小時動態pH檢測正常。
3.功能性腸病
（1）腸易激綜合征 分為2個亞型，即以腹瀉為主型和以便秘為主型。
（2）功能性腹脹 患者反復出現腹脹感或可見腹部膨脹，不是功能性消化不良，大部分患者無法明確脹氣部位，可用肉眼觀察或腹部體檢感觸到。
（3）功能性便秘 患者無腹痛，不是腸易激綜合征便秘型，必須符合以下兩點或兩點以上，至少25%排便感覺費力，至少25%排便為塊狀便或硬便，至少25%排便有不凈感，至少25%排便有肛門、直腸梗阻感/阻塞感，至少25%排便需以手法幫助。
（4）功能性腹瀉 患者至少75%的排便為不伴腹痛的松軟（糊狀）或水樣便。
（5）非特異性功能性腸病 患者有腸道癥狀，不是由器質性疾病所致，且不符合上述諸病的診斷標準。