1．手術切除：一經確診后，可考慮手術將囊腫完整摘除。
2．并發感染者應予口服抗菌藥(如增效聯磺片、麥迪霉素等)及熱敷等抗炎治療，炎癥消退后手術切除
手術中可在與囊腫相連的皮膚，尤其是見到導管開口時，沿著皮紋方向設計梭形的皮膚切口，連同囊腫一起摘除。然而因為病灶數目一般不少，每個囊腫都能輕易翻出，十分費時，也需要高度技巧，因此做的人不多。除較明顯部位或大顆病灶外，較少以手術解決。而更務實的想法，即使開刀拿掉，身上其它地方仍然會產生新的囊腫，何況凡開過刀必留下痕跡，并不一定值得。另有一種精細的囊腫外翻手術，是以細縫劃開囊腫，再將囊腫壁全數翻出清除，在術后外觀可達最佳效果，但并非每個囊腫都能輕易翻出，十分費時，也需要高度技巧，因此做的人不多。
至于藥物治療，如維生素A酸，雖可以稍微減少囊腫大小，但只是一時性效果，一旦停藥又會逐漸變大。但如果是囊腫破裂發炎，則可以給與口服藥物治療，如抗生素〈并非殺菌，而是因抗生素本身也有消炎效果〉、維生素A酸，或直接病灶內注射類固醇。
有時不治療就是最好的治療，多發性皮脂腺囊腫就是一個例子。目前沒有任何飲食、藥物，真正能改變多發性皮脂腺囊腫的病程，因此放寬心，把多發性皮脂腺囊腫當作身體的一部分，不要刻意擠壓，對多數患者而言，可能是最佳選擇。
3.加強運動，多食用水果蔬菜，早睡早起，保證睡眠充足，適當釋放或減輕工作壓力，可以有效緩解囊腫的增長。
4.火針治療，電針治療--均可以有效排除囊腫內容物，但是復發可能性較高，不推薦。
5.若因擠壓后，形成皮膚淤青，可考慮泡澡或者熱敷，可以有效加快痕跡的淡化。